Yahudi di Indonesia berawal dari kedatangan penjelajah Eropa awal dan pemukim. Yahudi di Indonesia saat ini membentuk komunitas Yahudi yang sangat kecil, yang terdiri hanya sekitar 20 orang Yahudi,[1] yang kebanyakan merupakan Yahudi Sephardi.
Pada tahun 1850-an, pengelana Yahudi, Jacob Saphir, adalah orang pertama yang menulis mengenai komunitas Yahudi di Hindia Belanda, setelah mengunjungi Batavia. Di Batavia, ia telah banyak berbicara dengan seorang Yahudi lokal, yang telah memberitahunya bahwa ada sekitar 20 keluarga Yahudi di kota itu dan beberapa di Semarang. Kebanyakan Yahudi yang hidup di Hindia Belanda pada abad ke-19 adalah Yahudi Belanda yang bekerja sebagai pedagang atau hal-hal yang berhubungan dengan rezim kolonial. Namun, beberapa anggota komunitas juga merupakan imigran dari Irak atau Aden.
Pada saat Perang Dunia, jumlah Yahudi di Hindia Belanda diperkirakan sekitar 2.000 jiwa. Yahudi Indonesia diasingkan ketika Pendudukan Jepang di Indonesia dan mereka dipaksa untuk bekerja di kamp. Setelah perang, Yahudi yang dilepas banyak menemui berbagai masalah, dan banyak yang beremigrasi ke Amerika Serikat, Australia atau Israel.